皇后皇貴妃皇帝旨曰：“告爾內閣五府六部諸臣！大行皇帝賓天先一日，召內閣三臣至御榻前，同我母子三人，親受遺囑曰：‘東宮年少，賴爾輔導。’乃大學士高拱，攬權擅政，威福自專，通不許皇帝主管。我母子日夕驚懼，便令回籍閒住，不許停留。爾等大臣受國厚恩，如何阿附權臣，蔑視幼主？自今宜悉自洗滌，竭忠報國，有蹈往轍，典刑處之。”
還有一樁觸目驚心的事件，這傳宣兩宮的詔旨，便是新任司禮監的馮保。高拱跪着下面，所聞所見，全出意料，真氣得三尸暴炸，七竅生煙；可奈朝儀尊重，不容放肆，那時情不能忍，又不敢不忍，遂致跪伏地上，險些兒暈了過去。至宣詔已畢，各大臣陸續起立，獨高拱尚匍匐在地，張居正不免驚疑，走近扶掖。拱方勉強起身，狼狽趨出，返入京寓，匆匆的收拾行李，僱了一乘牛車，裝載而去。居正與高儀，上章乞留。居正、馮保，通同一氣，還要假惺惺何爲？有旨不許。嗣復爲請馳驛歸籍，纔算照準。未幾，高儀又歿，假公濟私的張江陵，遂裒然爲首輔了。
先是居正入閣後，由吏部侍郎，升任尚書，兼太子太傅，尋晉封少傅，至是又加授少師。高儀的遺缺，任了禮部尚書呂調陽，惟一切典禮，仍由居正規定。追諡先考爲莊皇帝，廟號穆宗。又議將陳皇后及李貴妃，各上尊號。明制於天子新立，必尊母后爲皇太后，若本身系妃嬪所出，生母亦得稱太后，惟嫡母應特加徽號，以示區別。是時太監馮保，欲媚李貴妃，獨諷示居正，擬欲並尊。居正不便違慢，但令廷臣複議。廷臣只知趨承，樂得唯唯諾諾，哪個敢來攔阻？當下尊陳後爲仁聖皇太后，李貴妃爲慈聖皇太后，仁聖居慈慶宮，慈聖居慈寧宮。居正請慈聖移居乾清宮，視帝起居，當蒙允准。慈聖太后馭帝頗嚴，每日五更，必至御寢，呼令起牀，敕左右掖帝坐着。進水盥面，草草供點，即令登輿御殿，朝罷入宮，帝或嬉遊，不願讀書，必召使長跪，以此神宗非常敬畏。且與仁聖太后，始終親切，每遇神宗進謁，輒問往慈慶宮去未，所以神宗謁慈聖畢，必往謁仁聖。至外廷大事，一切倚任閣臣，未嘗干預。馮保雖承後眷，卻也不敢導帝爲非。居正受後囑託，亦思整肅朝綱，不負倚畀，可見母后賢明，得使內外交儆。於是請開經筵，酌定三六九日視朝，餘日御文華殿講讀，並進帝鑑圖說，且在旁指陳大義。神宗頗喜聽聞，即命宣付史館，賜居正銀幣等物。萬曆改元，命成國公朱希忠，及張居正知經筵事。居正入直經筵，每在文華殿後，另張小幄，造膝密語。一日，在直廬感病，神宗手調椒湯，親自賜飲，真所謂皇恩優渥，無微不至呢。
是年元宵，用居正言，以大喪尚未經年，免張燈火。越日早朝，神宗正出乾清宮，突見一無須男子，神色倉皇，從甬道上疾趨而入。侍衛疑是宦官，問他入內何干，那人不答。大衆一擁上前，將他拿住，搜索袖中，得利匕首一柄，即押至東廠，令司禮監馮保鞫訊。保即刻審問，供稱姓王名大臣，天下寧有自名王大臣者，其假可知。由總兵戚繼光部下來的。保問畢，將他收系，即往報張居正，複述供詞。居正道：“戚總兵方握南北軍，忠誠可靠，想不至有意外情事。”保遲疑未答。居正微笑道：“我卻有一計在此。”保問何計，居正附保耳低語道：“足下生平所恨，非高氏麼？今可借這罪犯身上，除滅高氏。”何苦乃爾。保大喜道：“這計一行，宿恨可盡消了。還有宮監陳洪，也是我的對頭，從前高拱嘗薦爲司禮，此番我亦要牽他在內，少師以爲何如？”居正道：“這由足下自行裁奪便了。”保稱謝而去，即令掃廁小卒，名叫辛儒，授他密言，往教罪犯王大臣。辛儒本是狡黠，趨入獄內，先與大臣婉語一番。嗣後備了酒食，與大臣對飲，漸漸的問他履歷。大臣時已被酒，便道：“我本是戚帥部下三屯營南兵，偶犯營規，被他杖革，流落京師，受了許多苦楚。默唸生不如死，因闖入宮中，故意犯駕，我總教咬住戚總兵，他也必定得罪。戚要杖我，我就害戚，那時死亦瞑目了。”犯規被斥，猶思報復，且欲加戚逆案，叵測極矣。辛儒道：“戚總兵爲南北保障，未見得被你扳倒，你不過白喪了一條性命，我想你也是個好漢，何苦出此下策？目今恰有一個極好機會，不但你可脫罪，且得升官發財，你可願否？”大臣聽到此言，不禁起立道：“有這等好機會麼？我便行去，但不知計將安出。”辛儒低聲道：“你且坐着！我與你細講。”大臣乃復坐下，側耳聽着。辛儒道：“你但說是高相國拱，差你來行刺的。”大臣搖首道：“我與高相國無仇，如何扳他？”不肯扳誣高相國，如何怨誣戚總兵。辛儒道：“你這個人，煞是有些呆氣。高相國爲皇太后皇上所恨，所以逐他回籍，就是大學士張居正，司禮監馮保，統是與高有隙，若你扳倒了他，豈不是內外快心，得邀重賞麼？”大臣道：“據你說來，我爲高相國所差。我既願受差使，豈不是先自坐罪麼？”辛儒道：“自首可以免罪。且此案由馮公審訊，馮公教我授你密計，你若照計而行，馮公自然替你轉圜呢。”大臣聽至此處，不禁離座下拜道：“此言果真，你是我重生父母哩。”辛儒把他扶起，復與他暢飲數杯，便出獄報知馮保。
保即提出大臣復訊。大臣即一口咬定高拱，保不再細詰，即令辛儒送他還獄，並給大臣蟒袴一條，劍二柄，劍首都飾貓睛異寶，俟將來廷訊時，令說爲高拱所贈，可作證據。並囑使不得改供，定畀你錦衣衛官職，且賞千金，否則要搒掠至死，切記勿忘！大臣自然唯唯聽命。馮保即據僞供上聞，且言內監陳洪，亦有勾通消息，已逮入獄中。一面飭發緹騎，飛速至高拱裏第，拿回家僕數人，嚴刑脅供。居正亦上疏請詰主使，兩路夾攻，高拱不死，亦僅矣。鬧得都下皆聞，人言藉藉。
居正聞物議沸騰，心下恰也未安，私問吏部尚書楊博，博正色道：“這事情節離奇，一或不慎，必興大獄。今上初登大寶，秉性聰明，公爲首輔，應導皇上持平察物，馴至寬仁。況且高公雖愎，何至謀逆，天日在上，豈可無故誣人？”居正被他說得羞慚，不由得面赤起來，勉強答了一二語，即歸私第。忽報大理寺少卿李幼孜到來，李與居正同鄉，當然接見。幼孜扶杖而入，居正便問道：“足下曳杖來此，想系貴體違和。”幼孜不待說畢，就接口道：“抱病謁公，無非爲着逆案，公若不爲辯白，將來恐污名青史哩。”居正心中一動，勉強應道：“我正爲此事擔憂，何曾有心羅織。”幼孜道：“叨在同鄉，所以不憚苦口，還祈見諒！”居正又敷衍數語，幼孜方纔別去。
御史鍾繼英上疏，亦爲高拱營救，暗中且指斥居正，居正不悅，擬旨詰問。左都御史葛守禮，往見尚書楊博道：“大獄將興，公應力諍，以全大體。”博答道：“我已勸告張相國了。”守禮又道：“今日衆望屬公，謂公能不殺人媚人，公奈何以已告爲辭？須再去進陳，務免大獄方好哩！”博乃道：“我與公同去，何如？”守禮欣然願行，遂偕至居正宅中。居正見二人到來，便開口道：“東廠獄詞已具，俟同謀人到齊，便奏請處治了。”守禮道：“守禮何敢自附亂黨！但高公諒直，願以百口保他。”居正默然不應。楊博亦插入道：“願相公主持公議，保全元氣。東廠中人，寧有良心？倘株連衆多，後患何堪設想？”居正仍坐在當地，不發一言。博與守禮，復歷數先朝政府，如何同心輔政，弼成郅治，到了夏言、嚴嵩、徐階、高拱等人，互相傾軋，相名坐損，可爲殷鑑。居正甚不耐煩，竟憤然道：“兩公今日，以爲我甘心高公麼？廠中揭帖具在，可試一觀！”說至此，奮身入內，取廠中揭帖，出投博前道：“公請看來！與我有無干涉！”全是意氣用事。博從容取閱，從頭細瞧，但見帖中有二語云：“大臣所供，歷歷有據。”這“歷歷有據”四字，乃是從旁添入，默認字跡，實系居正手筆。偏露出馬腳來。當下也不明說，惟嗤然一笑，又將揭帖放入袖中。居正見一笑有因，猛憶着有四字竄改，只好支吾說道：“廠中人不明法理，故此代易數字。”守禮道：“機密重情，不即上聞，豈可先自私議？我兩人非敢說公甘心高氏，但是目下回天，非仗公力不可！”楊、葛兩公，可謂有心人，看出破綻，仍用婉言，不怕居正不承。居正至此，無可推諉，方揖謝道：“如可挽回，敢不力任。但牽挽牛尾，很覺費事，如何可以善後呢？”楊博道：“公特不肯力任呢！如肯力任，何難處置，現惟得一有力世家，與國家義同休慼，便可託他訊治了。”居正感悟，欣然道：“待我入內奏聞，必有以報兩公。”兩人齊聲道：“這是最好的了，造福故家，留名史策，均在此舉哩！”說罷，拱手告別。
居正送出兩人，即入宮請獨對，自保高拱無罪，請特委勳戚大臣，徹底查究。神宗乃命都督朱希孝，左都御史葛守禮，及馮保會審王大臣。希孝系成國公朱希忠弟，接了此旨，忙與乃兄商議道：“哪個奏聞皇上，弄出這個難題目，要我去做？一或失察，恐宗祀都難保了。”說着，掩面涕泣。正是庸愚。希忠也惶急起來，相對哭着。一對飯桶，不愧難兄難弟。哭了半晌，還是希忠有點主意，令希孝去問居正。居正與語道：“不必問我，但去見吏部楊公，自有方法。”希孝當即揖別，往謁楊博，且語且泣。博笑道：“這不過借公勳戚，保全朝廷大體，我等何忍以身家陷公？”希孝嗚咽道：“欲平反此獄，總須搜查確證，方免讒言。”博又道：“這又何難！”當下與希孝密談數語。希孝才改憂爲喜，謝別而回，暗中恰遣了校尉，先入獄中，訊明刀劍來由。大臣始不吐實，經校尉威嚇婉誘，方說由辛儒繳來，並將他指使改供事，略說一遍。是一個反覆無常的罪犯，馮保也未免自誤。校尉復說道：“國家定製，入宮謀逆，法應滅族，奈何自願引罪？你不如吐實，或可減免。”大臣悽然道：“我實不知。辛儒說我持刀犯駕，罪坐大辟，因教我口供如此，不特免罪，且可富貴，誰知他竟是誑我呢！”說至此，大哭不止。校尉反勸慰一番，始行復命。
適高氏家人，已逮入京，希孝乃偕馮保、葛守禮，三人升廳會審。明朝故事，法司會審，須將本犯拷打一頓，叫作雜治。大臣上得法庭，馮保即命雜治，校尉走過，洗剝大臣衣服，大臣狂呼道：“已經許我富貴，爲何雜治我？”校尉不理，將他搒掠過了，方推近公案跪下。希孝先命高氏家人，雜列校役中，問大臣道：“你看兩旁校役，有無認識？”大臣忍着痛，張目四瞧，並無熟人，便道：“沒有認識。”馮保即插嘴道：“你敢犯駕，究系何人主使，從實供來！”大臣瞪目道：“是你差我的。”保聞言大驚，勉強鎮定了神，複道：“你不要瞎鬧！前時爲何供稱高相國？”大臣道：“是你教我說的。我曉得什麼高相國？”又證一句，直使馮保無地自容。保失色不語。希孝復問道：“你的蟒袴刀劍，從何得來？”大臣道：“是馮家僕辛儒，交給我的。”索性盡言，暢快之至。保聽着這語，幾欲逃座，兩肩亂聳，態度倉皇。還是希孝瞧不過去，替保解圍道：“休得亂道！朝廷的訊獄官，豈容你亂誣麼？”遂命校尉將大臣還押，退堂罷訊。
保踉蹌趨歸，暗想此案尷尬，倘大臣再有多言，我的性命，也要丟去，便即遣心腹入獄，用生漆調酒，勸大臣飲下，大臣不知是計，一口飲訖，從此做了啞子，不能說話。此時宮內有一殷太監，年已七十多歲，系資格最老的內侍，會與馮保同侍帝側，談及此事。殷太監啓奏道：“高拱忠臣，豈有此事！”又旁顧馮保道：“高鬍子是正直人，不過與張居正有嫌，居正屢欲害他，我輩內官，何必相助！”原來高拱多須，所以稱爲鬍子。保聞言，神色漸沮。內監張宏，亦力言不可，於是獄事遷延。等到刑部擬罪，只把大臣斬決，餘免干連。一番大風浪，總算恬平，這也是高拱不該赤族，所以得此救星。拱聞此變，益發杜門謝客，不問世事。拱本河南新鄭人，嗣後出仕中州的官吏，不敢再經新鄭，往往繞道而去。統是偷生怕死的人物。至萬曆六年，拱方病歿，居正奏請復拱原官，給與祭葬如例。又似強盜發善心。惟馮保餘恨未釋，請命太后一切賜卹，減從半數。祭文中仍寓貶詞，後來追念遺功，方贈拱太師，予諡文襄。小子有詩詠高拱道：
自古同寅貴協恭，胡爲器小不相容？
若非當日賢臣在，小過險遭滅頂兇。
欲知明廷後事，且俟下回續陳。
馮保一小人耳，小人行事，陰賊險狠，固不足責。張居正稱救時良相，乃與內監相毗，傾害高拱，彼無不共戴天之仇，竟思戮高氏軀，赤高氏族，何其忮刻若此耶？設非楊、葛諸大臣，力謀平反，則大獄立興，慘害甚衆。居正試反己自問，其亦安心否乎？殷、張兩內監，猶有人心，令居正聞之，能毋汗下。至於馮保訊獄，三問三供，世之設計害人者，安能盡得王大臣，使之一反噬乎？保益恚恨，且藥啞王大臣，令之不能再說。小人之心，甚於蛇蠍，良足畏也！然觀王大臣供詞，令我心快不已，爲之飲一大白。