燕王遂長驅至泗州，收降守將周景初。安民已畢，往謁祖陵。陵下父老，都來叩見。燕王遍賜酒肉，親加慰勞。父老皆喜，拜謝而去。燕王即欲渡淮，聞盛庸領馬步兵數萬，戰艦數千，列淮南岸，嚴陣以待，恰也不敢造次進兵，乃遣使至淮安，往見駙馬梅殷。只說要進香淮南，懇他假道。梅殷道：“皇考有訓，禁止進香，不遵先命，便是不孝。”叱使令去。使人返報，燕王大怒，復致書梅殷，略言：“本藩出兵到此，爲入清君側起見，天命有歸，何人敢阻？不早見機，後悔無及。”殷得書亦憤，竟將來使耳鼻，盡行割去，並語來使道：“暫留你口，歸報殿下，君臣大義，可不曉得麼？”這語回報燕王，燕王無可奈何，另擬取道鳳陽。鳳陽知府徐安，聞燕王至淮，拆浮橋，匿舟楫，斷絕交通。燕軍又不能渡。
燕王躊躇一會，想出了一條好計，召邱福、朱能等入帳，密囑令去，自引軍至淮水北岸。指揮將士，艤舟揚筏，張旗鳴鼓，僞作欲渡狀。南軍對岸瞧着，整備兵械，嚴裝設防，專待燕軍南渡，襲擊中流。哪知燕軍鼓譟多時，並沒有一舟一筏，渡越過來。明明有計，盛庸如何不防？南軍瞪目遙望，差不多有小半日，各自還營暫息，忽營外喊聲驟起，殺到許多燕軍，人亂馬嘶，嚇得南軍魂不附體。看官道這支燕軍，從何而來？原來是邱福、朱能等，受了密計，帶着驍勇數百人，西行二十里，從上流僱了漁舟，偷渡淮水，繞至南軍營前，奮勇殺入。盛庸並不預防，還疑燕軍飛到，慌忙出帳上馬，意圖逃走，不意馬亦驚躍，反將盛庸掀了下來，庸跌仆地上，手足被傷，幾乎不能動彈，虧得手下親兵，把他扶起，掖登小舟，倉皇遁去。蛇無頭不行，兵無主自亂，頓時全營大潰。燕王乘機飛渡，上岸夾擊，立將南軍掃淨，盡獲淮南戰艦，遂下盱眙，陷揚州，殺死都指揮崇剛，及巡按御史王彬，別遣指揮吳庸，諭下高郵、通泰、儀真等城，遂進營高資港，艤舟江上，旗鼓蔽天。
京師震恐異常，建文帝忙遣御史大夫練子寧，侍郎黃觀，修撰王叔英等，分道徵兵。各鎮觀望不前，或且輸款燕王，有意歸附。還有朝上六卿大臣，恐在京遭困，多半籲請出守，以便四逸，京內越覺空虛。建文帝亦越覺惶急，沒奈何下詔罪己，暗中恰召還齊泰、黃子澄，商決最後的要策。一誤再誤胡爲乎？方孝孺入奏道：“今日事急，且許割地議和，暫作緩兵之計。俟至募兵四集，再決勝負。”此老又出迂謀。建文帝流淚道：“何人可使？”孝孺道：“不如遣慶城郡主。”建文帝點首，乃以呂太后命，遣郡主往燕營。郡主系燕王從姊，既見燕王，燕王先哭，真耶僞耶？郡主亦哭，彼此對哭一場。燕王方問道：“周、齊二王何在？”郡主道：“周王已召還京師，齊王仍在獄中。”燕王嘆息不置。郡主徐申帝意，燕王道：“皇考分土，尚不能保，何望割地？且我率兵來此，無非欲謁孝陵，朝天子，規復舊章，請赦諸王，令奸臣不得矇蔽主聰，我即解甲歸藩，仍守臣禮，若徒設詞緩兵，今日議和，明日仍戰，徒令吾姊往返，反墮奸臣計中，我非愚人，賺我何爲？”孝孺迂謀，又被燕王一口道破。郡主不便再言，只得告歸。燕王送出營外，復語郡主道：“爲我歸謝皇上，我與皇上至親相愛，並無歹意。只恐未必。但請皇上從此悔悟，休信奸謀！且爲傳語弟妹，我幾不免，賴宗廟神靈，佑我至此。相見當不遠了。”是滿意語。
郡主還白建文帝，帝復問方孝孺，孝孺道：“長江天塹，可當百萬兵，陛下不必畏懼。”還是迂談。言未畢，錦衣衛走報，蘇州知府姚善，寧波知府王璡，徽州知府陳彥回，樂平知縣張彥方，永清典史周縉，各率兵來勤王了。建文帝稍稍放心，便一一召見，溫言慰勉，令各出屯城外。一面命兵部侍郎陳植，往江上督師。會燕王進軍瓜州，命中官狗兒，不愧燕王功狗。偕都指揮華聚，領前哨兵，出浦子口。盛庸、徐輝祖，合兵逆擊，殺敗狗兒、華聚等。敗兵返報燕王，燕王欲議和北還，湊巧次子高煦，引兵到來，燕王大喜，忙出營相見，撫煦背道：“世子多疾，轉戰立功，所賴惟汝。”此語足啓高煦奪嫡之心，燕王亂國不足，尚欲傳諸高煦耶。高煦聞命踊躍，遂努力來擊庸軍，庸軍小卻。會侍郎陳植到營，慷慨誓師，甚至痛哭流涕，可奈軍心已變，恁你舌吐蓮花，也是沒效。都督僉事陳瑄，竟受燕王運動，領舟師往降燕王。還有陳植麾下的金都督，亦欲叛去，植窺破金意，召入詰責，不料反觸動彼怒，竟將陳植殺死，率衆降燕。燕王問明底細，立誅金都督，且具棺斂植，遣官送葬白石山。權術可愛。於是設祭江神，誓師競渡。舳艫銜接，旌旗蔽空，微風輕颺，長江不波，鉦鼓聲遠達百里，南軍相率駭愕。盛庸等麾衆抵禦，未曾交戰，已先披靡，燕軍前哨登岸，只有健卒數百，來衝庸軍，庸軍大亂，霎時盡潰。至燕王渡江後，引軍窮追，直達數十里。南軍除被殺外，統已散逸，單剩盛庸一人一騎，落荒走脫。燕軍乘勝下鎮江，擬休養數日，進薄京城。
建文帝聞報，徘徊殿廷，束手無策，復召方孝孺商議。孝孺請速誅李景隆，建文不從。廷臣鄒公瑾等十八人，聞孝孺言，即擁景隆上殿，各舉象笏，沒前沒後的亂擊，把他打得頭破血流。景隆原是可誅，但事已至此，誅亦無益。一班廷臣，攢笏亂擊，更失朝儀，可笑可嘆！建文帝且喝住衆官，只命景隆上前奏對。景隆俯伏丹墀，叩首不已。到了後來，方說出議和二字。虧他想着。建文帝即委任景隆，令與兵部尚書茹瑺，再至燕營議和。兩人見了燕王，俱伏地頓首。彘詬無恥。燕王冷笑道：“公等來此何干？”景隆接連碰頭道：“奉主上命，特來乞和，願割地分南北。”燕王不待說畢，便道：“我從前未有過舉，無端加罪，削爲庶人，公等身爲大臣，未聞替我緩頰，今反來做說客麼？我今救死不暇，要土地何用？況今割地何名？皇考已明明給我北藩，都由奸臣播弄，下詔削奪，總教繳出奸臣，我便罷兵。天日在上，決不食言！”敢問後來何故篡國？景隆等拜謝回京。建文帝令景隆再赴燕營，只說：“罪人已加竄逐，俟拿住後即當繳出。”景隆頗有難色，帝乃命諸王偕行。燕王見諸王到來，開營迎入。諸王具述帝意，燕王道：“諸弟試思上言，是真是假？”諸王齊聲道：“大兄明鑑，想必不謬。”燕王道：“我此來但欲得奸臣，餘無他意。”遂設酒宴飲。諸王遣使歸報。廷臣以燕王不肯議和，多勸帝他徙，暫避兵鋒。方孝孺獨抗奏道：“京城裏面，尚有勁兵二十萬，城高池深，糧食充足，今宜盡撤城外民居，驅民運木入城，令北軍無可依據，彼時將不戰自走呢。”迂腐極矣。建文帝依計而行，令民撤屋運木。時方盛暑，居民不願搬拆，各縱火焚屋，連日不息。孝孺復請令諸王分守都城，帝亦依言，命谷王穗、安王楹率着民兵，分段防守。齊泰、黃子澄，尚欲出外募兵，請命帝前，不待建文准奏，便即自去。泰奔廣德州，子澄奔蘇州，無非爲避難計。建文帝不禁太息道：“事出若輩，乃棄朕遠遁麼？”這叫作罪歸於主。正說着，外面已報燕軍薄城，建文帝尚召方孝孺問計。孝孺請堅守待援，萬一不濟，當死社稷。可與適道，未可與權。
帝聞奏，倍加惶急。御史魏冕，踉蹌趨入，報稱左都督徐增壽密謀應燕，帝尚未信，尋復有人接連入奏，乃命左右拿到增壽，面數罪狀，親自動手，掣出佩刀，把他砍死。怒尚未息，復見翰林院編修程濟，跑入殿中，大呼道：“不好了，不好了，燕軍已入城了！”建文帝道：“這麼容易，莫非有人內應麼？”程濟道：“谷王穗、李景隆等，開金川門，迎入燕王，所以京城被陷。”建文帝流淚道：“罷！罷！朕未嘗薄待王公，他竟如此負心，還有何說？”程濟道：“御史連楹，曾佯叩燕王馬前，欲刺燕王，不幸獨力難成，反被殺死。”建文帝複道：“有此忠臣，悔不重用，朕亦知過，不如從孝孺言，殉了社稷罷。”言畢，即欲拔刀自盡。少監王鉞在側，忙伏奏道：“陛下不可輕生，從前高皇帝升遐時，曾有一篋，付與掌宮太監，並遺囑道：“子孫若有大難，可開篋一視，自有方法。”程濟插口道：“篋在何處？”王鉞道：“藏在奉先殿左側。”左右聞了此言，都說大難已到，快取遺篋開視。建文帝即命王鉞取篋，須臾有太監四人，扛一紅篋入殿，這篋很覺沉重，四圍俱用鐵皮包裹。連鎖心內也灌生鐵。當由王鉞取了鐵錐，將篋敲開，大家注視篋中。統疑有什麼祕緘，可以退敵，誰知篋中藏着度牒三張，一名應文，一名應能，一名應賢，連袈裟僧帽僧鞋等物，無不具備，並有薙刀一柄，白銀十錠，及朱書一紙，紙中寫着，應文從鬼門出，餘人從水關御溝出行，薄暮可會集神樂觀西房。建文帝嘆息道：“數應如此，尚復何言？”程濟即取出薙刀，與建文祝髮。想曾習過薙髮司務。吳王教授楊應能，因名符度牒，願與帝祝髮偕亡。監察御史葉希賢道：“臣名希賢，宜以應賢度牒屬臣。”遂也把發薙下。三人脫了衣冠，披着袈裟，藏好度牒，整備出走；一面命縱火焚宮。頓時火光熊熊，把金碧輝煌的大內，盡行毀去。皇后馬氏，投火自盡。妃嬪等除出走外，多半焚死，建文帝痛哭一場，便欲動身。在殿尚有五六十人，俱伏地大慟，願隨出亡。可雲難得。建文帝道：“人多不便出走，爾等各宜自便。”御史曾鳳韶牽住帝衣，且叩頭道：“臣願一死報陛下恩。”建文帝也不及回答，麾衣出走。那時誓死相從的，還有九人，從帝至鬼門。鬼門在太平門內，系內城一矮扉，僅容一人出入，外通水道。建文帝傴僂先出，餘亦魚貫出門。門外適有小舟待着，舟中有一道裝老人，呼帝乘舟，並叩首稱萬歲。帝問他姓名，答稱：“姓王名升，就是神樂觀住持。”奇極怪極。且雲：“昨夜夢見高皇帝，命臣來此，所以艤舟守候。”想是太祖僧緣未滿，故令乃孫再傳衣鉢。帝與九人登舟，舟隨風駛，歷時已至神樂觀，由王升導入觀中。時已薄暮，俄見楊應能、葉希賢等十三人同至，共計得二十二人，由小子按着官銜，編次如下：
兵部侍郎廖平 刑部侍郎金焦 編修趙天泰、程濟 檢討程亨 按察使王艮參政蔡運 刑部郎中樑田玉 監察御史葉希賢 中書舍人樑良玉、樑中節、宋和、郭節 刑部司務馮
鎮撫牛景先、王資、楊應能、劉仲 翰林待詔鄭洽 欽天監正王之臣 徐王府賓輔史彬 太監周恕
楊應能、葉希賢等見帝，尚俯伏稱臣。建文帝道：“我已爲僧，此後應以師弟相稱，不必行君臣禮了。”諸臣涕泣應諾。廖平道：“大家隨師出走，原是一片誠心，但隨行不必多人，更不可多人，就中無家室牽累，並有膂力可以護衛，方可隨師左右，至多不過五人，餘俱遙爲應援，可好麼？”建文帝點首稱善。於是席地環坐，由王升呈進夜膳，草草食畢。比御廚珍饈何如？當約定楊應能、葉希賢、程濟三人，日隨帝側。應能、希賢稱比邱，濟稱道人，馮
、郭節、宋和、趙天泰、牛景先、王之臣六人，往來道路，給運衣食。六人俱隱姓埋名，改號稱呼。餘十數人分住各處，由帝順便寓居。帝復與諸人計議道：“我留此不便，不如遠去滇南，依西平侯沐晟。”史彬道：“大家勢盛，耳目衆多，況新主意尚未釋，倘或告密，轉足滋害，不如往來名勝，東西南北，皆可爲家，何必定去雲南？”帝隨口作答，是夜便寄宿館中。天將曉，帝足痛不能行，當由史彬、牛景先兩人，步至中河橋，覓舟往載。適有一艇到來，舟子系吳江人，與史彬同籍。彬頗相識，問明來意，系由彬家差遣，來探消息。彬大喜，反報建文帝，願奉帝至家暫避。帝遂出觀駕舟，同行爲葉、楊、程、牛、馮、宋、史七人，餘俱作別，訂後會期。及舟至吳江，彬奉帝還家，居室西偏曰清遠軒，帝改名水月觀。親筆書額，字作篆文。越數日，諸臣復至，相聚五晝夜。帝命歸省。至燕王即位，削奪逃亡諸臣官銜，並命禮部行文，追繳先時誥敕。蘇州府遣吳江邑丞鞏德，至史彬家索取誥敕等件，彬與相見，鞏德謂，建文皇帝聞在君家，是否屬實？彬答言未至，鞏德微哂而去。建文帝聞着此信，知難久住，遂與楊、葉兩比邱，及程道人，別了史彬，決計往雲南去了。建文帝好文章，善作詩歌，曾記他道出貴州，嘗題詩壁間，留有二律雲：風塵一夕忽南侵，天命潛移四海心。
鳳返丹山紅日遠，龍歸滄海碧雲深。
紫微有象星還拱，玉漏無聲水自沉。
遙想禁城今夜月，六宮猶望翠華臨。
閱罷楞嚴磬懶敲，笑看黃屋寄團瓢。
南來瘴嶺千層迥，北望天門萬里遙。
款段久忘飛鳳輦，袈裟新換袞龍袍。
百官此日知何處，惟有羣烏早晚朝。
建文去國，京中作何情狀，且待下回表明。
燕王渡淮，南京已不可守，此時除議和外，幾無別法。然野心勃勃如燕王，豈肯就此議和，解甲歸去？郡主之遣，諸王之行，益令燕王藐視。至若李景隆、茹瑺輩、伏地乞憐，更爲國羞，尚何益乎？至金川門啓，大內自焚，乃有建文出亡之說，紅篋留貽，君臣祝髮，事屬怪誕不經，豈太祖果有先覺，預爲乃孫計耶？或謂由青田劉基之預謀。考之正史，基亦無甚奇蹟，不過建文出亡，剃度爲僧，未必無據。就王鏊、陸樹聲、薛應旗、鄭曉、朱國楨諸人，所載各書，皆歷歷可稽。即有舛訛，亦未必盡由附會，惟紅篋事或屬諸子虛耳。乃祖以僧而帝，乃孫由帝而僧，往復循環，殆亦明史中一大異事耶？