桓玄接得澹之等敗報，復大集荊州士卒，得衆二萬人，樓船數百艘，再挾安帝東下，親來督戰。使散騎常侍徐放先行，入說劉裕等道：“若能旋軍散甲，當共同更始，各授爵位，令不失職。”裕等當然不從，更撥青州刺史劉毅，及下邳太守孟懷玉，會師尋陽，與何無忌劉道規兩軍，西出拒玄。兩軍相遇崢嶸洲，毅軍尚不滿萬人，見玄軍軍容甚盛，各有懼色，意欲退還尋陽。獨劉道規挺身道：“行軍全在氣勢，不在多寡，今欲畏怯不進，必爲所乘，就使得返尋陽，亦豈遂能固守？玄雖外示聲威，內實恇怯，並且前次已經奔敗，衆無固志，臨機決勝，在此一舉，怕他什麼！”說着，即麾衆前進，毅等乃鼓棹隨行。兩下方纔交鋒，忽江面颳起一陣大風，吹向玄舟，道規大喜，即令軍士縱火，順風燒賊。毅等亦助薪揚威，煙焰迷濛，統望玄舟撲去。玄衆本無鬥志，再加大火衝來，船多被焚，哪裏還敢對敵，當下散舟大潰。玄坐舫邊備有小舸，慌忙挾帝換船，飛槳西走。時何王二後，亦被玄脅令從軍，避火亂奔，行至巴陵，殷仲文收集散卒，背叛桓玄，奉二後奔往夏口，旋即東入建康。惟桓玄挾住安帝，再返江陵，玄將馮該，請再整兵拒戰，無如人情離沮，號令不行。玄不得已乘夜出走，欲奔漢中，往依梁州刺史桓希。甫至城
，忽暗中有數人閃出，持刀斫玄。玄手下尚有心腹百餘人，慌忙代玄格住，玄才得免傷。彼此互相刺擊，天又昏黑，不能細辨，但亂殺了一回，徒落得肝腦塗地，屍首塞途。玄單騎逃出，幸得下船，待了片刻，惟卞範之踉蹌奔來，尚有嬖人丁仙期萬蓋等，也隨後趨至，偕玄西行。好算是桓玄患難朋友。安帝才免挾去，由荊州別駕王康產，奉帝入南郡府舍。南郡太守王騰之，率領文武，爲帝侍衛。琅琊正德文，始終隨着安帝，不離左右。安帝至此，才覺驚魂粗定，稍安寢食了。慢着。益州刺史毛璩，前曾移檄討玄，因爲桓希所阻，未曾東下。事見前回。有侄修之，爲漢中屯騎校尉，與璩交通，他聞玄戰敗西奔，正好設法除奸，便親詣玄舟，詐言蜀地無恙，不妨前往。玄已如漏網魚，脫籠鳥，但教有路可奔，無不願行，再加子侄輩陸續奔集，船中也有數十人，樂得一同西往，權尋一個安身窠。日暮途窮，還想擇地安身麼？適寧州刺史毛璠，在任病歿，璠系璩弟，由璩遣從孫毛祐之，及參軍費恬，督護馮遷等，護喪歸江陵，道出枚回洲，正與桓玄遇着。兩邊俱系舟行，祐之眼快，看見玄坐在舟中，便遙問道：“逆賊何往？”一聲喝着，舟中競起，統彎弓放箭，射向玄舟。玄驚慌得很，嬖人丁仙期萬蓋，挺身蔽玄，俱被射死。益州督護馮遷，索性督同壯士，躍過玄舟，持刀徑入。玄戰聲道：“汝，汝何人？敢殺天子？”遷應聲道：“我來殺天子的賊臣。”道聲未絕，刀光一閃，已將玄首劈下。玄子昇忙來救護，已是不及，反被馮遷等打倒，捆綁起來。毛祐之費恬等，一齊到玄舟中，劈死桓石康桓濬，惟卞範之鳧水逃去。毛修之持了玄首，毛祐之鎖住桓昇，同赴江陵，即遣人迎入安帝，暫借江陵爲行宮，下詔大赦。惟桓氏不赦，命將桓昇牽出市曹，一刀斬訖。進毛修之爲驍騎將軍，餘亦封賞有差，一面傳送玄首，懸示大桁。
劉毅等聞乘輿反正，總道江陵已平，不必速進，且連日爲逆風所阻，未便行舟，所以沿途逗留。哪知死灰復燃，餘孽再熾。玄從子桓振，自華容浦糾衆出來，掩襲江陵城。桓謙本避匿沮中，也聚黨應振，衆又逾千。江陵空虛，只有王康產王騰之守着，驀被桓振等陷入，慌忙抵敵，已是不及，兩人相繼戰死。桓振躍馬操戈，直入行宮，向安帝追索桓昇，張目奮須道：“臣門戶何負國家，乃屠滅至此？”安帝面如土色，連一句話都說不出來。還是琅琊王德文，從旁代答道：“這豈我兄弟本意麼！”語亦可憐。振尚不肯斂手，奮戈指帝。可巧桓謙馳入，斥振無禮，苦加禁阻。振乃斂容下馬，再拜而出。越宿爲玄發喪，僞諡武悼皇帝。又過一宵，桓謙等率領羣臣，奉還璽綬，且上言道：“主上法堯禪舜，德媲唐虞，今楚祚不終，民心仍還向晉室，謹將璽綬奉繳，借副衆望。”琅琊王德文，接了璽綬，交與安帝，又不得不婉言羈縻，令他退候詔旨，謙等奉命退出。未幾，即有詔命頒發，授德文爲徐州刺史，桓振爲荊州刺史，都督八郡軍事，桓謙復爲侍中衛將軍，加江豫二州刺史。於是桓氏又得專政，侍御左右，皆振爪牙。振少時無賴，爲玄所嫉，至是振嘆息道：“我叔父不早用我，遂致敗亡；若使叔父尚在，我爲前鋒，天下已早定了。今局居此地，果將何歸？看來是不能久持呢。”頗有自知之明。謙勸振引兵東下，自守江陵。振方縱情酒色，肆行殺戮，欲安享幾日的威福，怎肯再行赴敵？謙只得招募徒衆，出堵馬頭，使桓蔚往戍龍泉。
劉毅何無忌劉道規等，接得江陵警耗，方鼓行西進，擊破桓謙，又分兵再破桓蔚，兵勢大振。無忌欲乘勝直趨江陵，道規諫阻道：“兵法屈伸有時，不可輕進。諸桓世居西楚，羣小皆爲竭力，振又勇冠三軍，難與交鋒，今且息兵養銳，佯爲示弱，待他驕怠，不患不勝。”無忌不從，引軍直進。桓振果傾衆出戰。馮該卞範之等，又先後趨集，與無忌交戰靈溪。無忌抵擋不住，前隊多死，沒奈何退保尋陽，與劉毅等上箋請罪。劉裕仍命毅節度諸軍，惟奪去青州刺史官職。毅整署兵甲，修繕船械，再圖西進。劉敬宣豫儲糧食，撥給各軍，所以無忌等雖然敗退，不致大挫。休養數日，復從尋陽出發，前往復口。桓振遣馮該守東岸，孟山圖據魯山城，桓仙客守偃月壘。共計萬人，水陸互援。劉毅攻孟山圖，道規攻偃月壘，無忌遏住中流，抵禦馮該，自辰至午，晉軍大勝，擒住山圖仙客，獨馮該走往石城。毅等進拔巴陵，軍令嚴整，不準侵掠，百姓安堵如常。
劉裕覆命毅爲兗州刺史，規復江陵。時益州刺史毛璩，從白帝城引兵出發，襲破漢中，得誅桓希。桓氏勢力日蹙，惟荊襄尚爲所據。桓振令桓蔚駐守襄陽，勉強過了殘年。一交正月，南陽太守魯宗之，起兵討逆，掩入襄陽城。桓蔚走還江陵，劉毅並集各軍，再攻馬頭。桓振挾安帝出屯江津，遣使求割江荊二州，然後送還天子。劉毅不許。振正欲拒戰，不防魯宗之殺入柞溪，擊破振將桓楷，進駐紀南。振不得不還防宗之，留桓謙馮該卞範之守住江陵，監視安帝兄弟。謙令馮該堵截豫章口，爲劉毅等所擊敗，再奔石城。毅等直至江陵城下，縱火焚門，謙等棄城西遁。惟卞範之遲走一步，被晉軍攔住，拿下處斬。隨即撲滅餘火，麾軍入城。卞範之到此才死，總算桓氏的異姓忠臣。桓振到了紀南，殺退魯宗之軍，返救江陵，途中望見火起，料知城已被陷，部衆潰散，振無路可歸，逃往溳川。安帝再得正位，改元義熙，復下赦詔，惟桓氏仍不得赦。前豐城公桓衝，有功王室，特赦免衝孫胤一人，徙居新安。進劉毅爲冠軍將軍，所有行宮政令，悉歸毅主持。授魯宗之爲雍州刺史，毛璩爲徵西將軍，都督益樑秦涼寧五州軍事。璩弟瑾爲樑秦二州刺史，瑗爲寧州刺史，遣建威將軍劉懷肅，追剿桓氏餘黨，陣斬馮該。桓謙桓蔚桓楷何澹之等，都西奔後秦。
會建康留臺，備齊法駕，來迎安帝。何無忌奉帝東還，留劉毅劉道規居守夏口，江陵歸荊州刺史司馬休之入守，不意桓振再收遺衆，又從溳川進襲江陵。司馬休之未曾預備，倉皇出敵，吃了一個敗仗，奔往襄陽。振再入江陵，自稱荊州刺史。建威將軍劉懷肅，急引軍救江陵城，劉毅又遣廣武將軍唐興爲助，夾攻桓振。振出戰沙橋，還靠着一把大刀，盤旋飛舞，亂劈晉軍。懷肅素知桓振厲害，早備着強弓硬箭，與他對敵，兵刃初交，便令軍士彎弓迭射，箭如驟雨一般。振衆死了一半，逃去一半，那時振亦沒法支持，拍馬欲逃，偏偏馬已中箭，掀倒地上，振亦墜馬。懷肅急搶前一步，手起刀落，把振剁作兩段。桓氏後起悍將，至此才盡。江陵城當然奪還。
惟益州刺史徵西將軍毛璩，得了江陵再陷消息，集衆三萬，東出討振。使弟瑗出外水，參軍譙縱出涪江，偏蜀人不樂遠征，多有怨言，縱將侯暉，與巴西人陽昧聯謀，逼縱爲主。縱不敢承受，自投水中，又爲暉等撈起，再三固請，脅縱登車，往攻秦樑二州刺史毛瑾。瑾在涪城，聞變調兵，一時無從召集，即被侯暉等陷入，把瑾殺死，遂推縱爲樑秦二州刺史。毛璩行至略城，才知縱等爲亂，慌忙趕還成都。亟使參軍王瓊，率三千人討縱，又令弟瑗領兵四千，作爲後應。瓊至廣漢，適值侯暉引衆攔阻，當由瓊麾兵殺去，擊斃暉衆數十名，暉即引退。瓊乘勝急追，瑗亦從後趨進，馳至綿竹，不意譙縱弟明子，奉了兄命，暗設兩重伏兵，悄悄待着。瓊陷入第一重伏中，尚然未覺，及深入第二重，前後胡哨大作，伏兵齊起，把瓊困在垓心，瓊拼命衝突，竟不得出。至毛瑗兵到，殺開血路，救瓊出國，瓊衆已十死八九，就是毛瑗麾下，也戰死了一半。瑗與瓊奔還成都，侯暉譙明子等追至成都城下，日夕攻撲。益州營戶李騰，潛開城門，引入外寇，毛璩及瑗，不及逃避，均爲所戕。侯暉譙明子，遂據住成都，迎縱爲主。縱令從弟洪爲益州刺史，明子爲徵東將軍，領巴州刺史，使率部衆五千，出屯白帝城，於是全蜀大亂，漢中空虛。氐帥仇池公楊盛，得遣兄子楊撫，乘虛襲據漢中，餘地多歸入譙氏。晉廷方搜捕桓氏餘孽，不遑西顧，譙縱得安然爲成都王，霸佔一隅了。譙縱據蜀，不在十六國之列。且說晉安帝東還建康，留臺諸官，詣闕待罪，有詔令一律復職，命琅琊王德文爲大司馬，武陵王遵爲太保，劉裕爲侍中，兼車騎將軍，都督中外諸軍事，領青徐二州刺史。劉毅爲左將軍，何無忌爲右將軍，分督揚州豫州諸軍事。劉道規爲輔國將軍，督淮北諸軍事。魏詠之爲徵虜將軍，兼吳國內史。餘官亦進職有差。惟劉裕固讓不受，安帝還道他未足償願，優詔慰勉，再加裕錄尚書事。裕又表辭，且懇請歸藩。安帝復遣百僚敦勸，並親倖裕第，面加勸諭，裕仍不受命，始終請調任外鎮。居心可知。乃改授裕都督荊司樑益寧秦雍涼諸州軍事，並前時揚徐等八州，合成十六州都督，駐守京口，裕始拜命而去。已將東晉江山，一大半歸諸掌握了。
先是，劉毅嘗爲劉敬宣寧朔參軍，時人或稱毅爲雄傑，獨敬宣說他“內寬外忌，誇己輕人，將來得志，必致陵上取禍”云云。毅得聞此言，銜恨甚深。及敬宣因功加賞，擢任江州刺史，毅使人白裕道：“敬宣未預義謀，授爲郡守，已屬過優，今超任至江州刺史，豈不令人駭愕麼？”是即誇己輕人之一斑。裕卻未依毅議。敬宣已稍有所聞，自請解職，乃召還爲宣城內史。毅復與何無忌等，分討桓氏餘黨，所有桓亮桓玄等遺孽，一概蕩平。荊湘江豫四州，從此肅清。有詔命毅都督淮南五郡，無忌都督江東五郡，晉室粗安。惟永安何皇后自巴陵還都後，年已六十有六，累經跋涉，飽受虛驚，便即一病去世，追諡爲章皇后。了結何後，筆不滲漏。當時，宮廷雖經喪亂，但大憝已除，人心自然思治，共望昇平。惟有一個彭澤令陶潛，系是故大司馬陶侃曾孫，表字元亮，一字淵明，獨因郡中遣到督郵，縣吏謂應束帶出迎。潛慨然太息，謂不能爲五斗米折腰，遂於義熙二年，解印去縣，歸隱慄裏，自作《歸去來辭》表明高志。後來詩酒自娛，屢徵不起；到了劉宋開國，還去徵召，仍然不就，竟得壽終，這也是危邦不居，無道則隱的意思。不沒高士。小子有詩讚道：
擺脫塵纓且掛冠，何如歸隱尚堪安。
北窗醉臥東皋嘯，能效陶公始達觀。
陶潛歸隱，寓有深衷，實在是江左亂端，未曾平定，試看下回盧循等事，便可分曉。
桓玄無赫赫之功，足以名世，但乘會稽父子之亂政，闖入建康，竊取大位，其爲輿情之不服也可知。劉裕劉毅何無忌等，奮臂一呼，玄即敗潰，始則猶挾安帝爲奇貨，及一失所挾，即被誅於枚回洲。計其僭位之期，不過半年，其亡也忽，誰曰不宜？論者謂玄挾主而不敢弒主，至桓振再起，欲弒主矣，而卒爲桓謙所阻，是桓氏猶有敬主之心，雖曰爲逆，尚可少原。不知彼欲借主以逃死，並非活主以鳴恭，假使玄得在位一二年，安帝寧尚得再生平？惟毛璩首先倡義，不愧爲忠，至聞桓振復陷江陵，又率衆東下，報主之心，可謂摯矣。乃其後卒爲叛徒所戕，禍及滅門，忠而構難，是亦當與劉越石同一嘆惜也。然觀於譙縱之速亡，璩亦可無遺恨也乎？