玄性苛細，好自矜伐，朝令暮更，羣下無所適從，遂致奏案停積，紀綱不治；惟素好遊畋，日必數出。兄偉葬日，旦哭晚遊。且出入未嘗預告，一經命駕，傳呼嚴促，侍從奔走不暇，稍或遲慢，即遭斥責，所以衆情鹹貳，怨氣盈廷。玄心中也不自安，時常戒備。一夕，有濤水涌至石頭城下，奔騰澎湃，突如其來，岸上人不及奔避，多被狂濤捲去，頓時天昏地暗，鬼哭神號。玄在建康宮中，也有聲浪傳到，矍然驚起道：“敢是奴輩發作麼，如何是好？”說着，即命左右出外探聽。及接得還報，方知巨濤爲祟，才得放心。
尋遣使至益州，加封刺史毛璩爲散騎常侍，兼左將軍。璩不肯服玄，竟將來使拘住，扯碎玄書。因授桓希爲梁州刺史，令他分派諸將，調戍三巴，嚴防毛璩。璩索性傳檄遠近，列玄罪狀，慷慨誓師，剋日東討。彷彿似雷聲一震。當下遣巴東太守柳約之，建平太守羅述，徵虜司馬甄季之，會攻桓希，大得勝仗，遂引兵進屯白帝城。玄又命桓弘爲青州刺史，鎮守廣陵，刁逵爲豫州刺史，鎮守歷陽。弘令青州主簿孟昶，入都報政，玄見他詞態雍容，很加器重，便語侍臣劉邁道：“素士中得一尚書郎，與卿同一州里，卿可相識否？”邁與昶皆下邳人，素不相悅，至是即應聲道：“臣在京口，不聞昶有異能，但聞他父子紛紛，互相贈詩哩。”玄付諸一笑，乃遣昶仍返青州。昶行至京口，正與劉裕相遇，彼此敘談，頗覺投機。裕笑語道：“草澤間當有英雄崛起，卿可聞知否？”昶接口道：“今日英雄爲誰，想便應屬卿了。”看官聽說，昶因劉邁從中媒孽，隱懷憤恨，所以見了劉裕，樂得乘間挑釁，要他去做個衝鋒，推倒桓玄。
裕乃與昶共議匡復方法，當時有好幾處機會，可以聯絡，一是弘農太守王元德，與弟仲德皆有大志，不服桓玄，此時卸職入都，正好使他內應。還有前河內太守辛扈興，振威將軍童厚之，亦寓居建康，與裕素有往來，亦可密令起應元德，做個幫手；二是裕弟道規，方爲青州中兵參軍，正好使他暗襲桓弘，當令孟昶還白道規，佐以沛人劉毅合同舉事；三是豫州參軍諸葛長民，也是裕一個密友，正好使他同時舉發，襲取豫州刺史刁逵，據住歷陽。安排已定，便分頭通知。
孟昶立即辭行，返至青州，即向妻周氏說道：“劉邁在都中毀我，使我一生淪落，我決當發難，與卿離絕，倘然得遇富貴，迎汝未遲。”周氏接口道：“君有父母在堂，理應奉養，今君欲建立奇功，亦非婦人所能諫阻，萬一不成，當由妾謹事舅姑，死生與共，義無歸志，請君不必多心。”好婦人。昶沉吟多時，欲言不言，因抽身起座，意欲外出。周氏已瞧破情形，抱兒呼昶，復令返座道：“看君舉措，並非欲謀及婦人，不過欲得我財物呢。”說着，又指懷中兒示昶道：“此兒如可質錢，亦所不惜。”昶乃起謝。原來周氏多財，積蓄頗饒，至此遂傾資給昶，昶得與劉道規等聯同一氣，相機下手，一面預報劉裕。裕與何無忌同居京口，無忌嘗思爲舅復仇，當然與裕同志，事必預謀。裕既決計起兵，令無忌夜草檄文，無忌母爲劉牢之姊，從旁瞧着，不禁流涕道：“我不及東海呂母，王莽時人，見《漢書》。汝能行此，還有何恨？”隨即問同謀爲誰？無忌答稱劉裕。母大喜道：“得裕爲主，桓玄必滅了。”孟昶有妻，何無忌有母，卻是無獨有偶。
過了兩日，無忌偕裕出行，託詞遊獵，號召義徒，共得百餘名，就中選得志士二十人，使充前隊，自己冒作敕使，一騎當先，揚鞭入丹徒城。徐兗二州刺史桓修，聞有敕使到來，便出署相迎。兜頭遇着無忌，正要啓問，偏被無忌順手一刀，頭隨刀落，當下大呼討逆，衆皆駭散。劉裕得無忌捷報，即馳入府舍，揭榜安民，片時已定。當將桓修棺殮，埋葬城外。召東莞人劉穆之爲府主簿，穆之直任不辭。徐州司馬刁弘，得知丹徒有變，方率文武佐吏，來探虛實。裕登城與語道：“郭江州指前刺史郭昶之。已奉乘輿，反正尋陽，我等並奉密詔，誅除逆黨，今日賊玄首級，已當梟示大衆，諸君皆大晉臣子，來此何干？”弘等聞言，信以爲真，當即退去。適值孟昶劉毅劉道規，誘殺桓弘，收衆渡江，來會劉裕。裕令劉毅追襲刁弘，殺死了事。
青徐兗三州已經略定，只有建康及豫州二路，尚未發作。裕令毅作書報告乃兄，乃兄就是劉邁，得了毅書，躊躇未決。致書人周安穆，見邁懷疑，恐謀泄罹禍，匆匆告歸。邁正受玄命爲竟陵太守，意欲夤夜出行，冀得避難，忽由桓玄與書，謂：“北府人情云何？卿近見劉裕，彼作何詞？”邁閱書後，還道玄已察裕謀，竟默然待旦，自行出首。玄頓覺大驚，面封邁爲重安侯，立飭衛兵出宮，收捕王元德辛扈興童厚之等，駢戮市曹。已而有人向玄譖邁，謂邁縱歸周安穆，不免同謀。玄遂收邁下獄，亦處死刑。邁亦該死。
那劉裕已爲衆所推，作爲盟主，總督徐州軍事，用孟昶爲長史，檀憑之爲司馬，當下號召徐兗二州衆士，得一千七百人，出次竹裏，傳檄遠近，聲討桓玄。玄因命揚州刺史桓謙爲征討都督，並令侍中殷仲文，代桓修爲徐兗二州刺史，會同拒裕。謙請發兵急擊，玄皺眉道：“彼衆甚銳，向我致死，我若一挫，大事去了，不若屯兵覆舟山下，以逸待勞，彼空行至二百里，無從一戰，銳氣必挫。忽見我大軍屯守，勢必卻顧，我再按兵堅壘，勿與交鋒，使彼求戰不得，自然散去，這乃是今日的上計哩。”謙尚執定前議，仍然固請。玄乃請頓邱太守吳甫之，右衛將軍皇甫敷，北擊裕軍。各軍陸續出發，玄心下還帶着驚慌，繞行宮中，旁徨不定。左右從旁勸慰道：“裕等不過烏合，勢必無成，至尊何必多慮？”玄搖言道：“裕乃當世英雄，劉毅家無擔石，樗蒱且一擲百萬，何無忌酷似彼舅，共舉大事，何謂無成？”說至此，又憶從前不聽妻言，懊悵不置。原來裕爲彭城內史，曾在桓修麾下，兼充中書參軍。修嘗入都謁玄，裕亦從行。玄見裕風骨不凡，稱爲奇傑，待遇甚優，每值宴會，必召裕入座。玄妻劉氏，從屏後窺見裕貌，謂裕龍行虎步，瞻顧非凡，將來必不可制，因勸玄趁早除裕。玄欲倚裕爲助，故終不見從，誰知裕還京口，果然糾衆發難，做了桓玄的對頭，玄怎得不悔？怎得不恨？但已是無及了。劉寄奴王者不死，蛇神且無如之何，玄夫婦怎能死裕。
劉裕率軍徑進，攻克京口，用朱齡石爲建武參軍。齡石父綽，曾爲桓衝屬吏，至是齡石雖受裕命，自言受桓氏厚恩，不欲推刃。裕嘆爲義士，但令隨着後隊，不使前驅。行至江乘，正值玄將吳甫之，引兵殺來。甫之向稱驍勇，全不把劉裕放在眼中，拍馬直前，挺槊急進。裕軍前隊，卻被撥落數人，正在殺得興起，驀有一將馳至，厲聲大呼道：“吳甫之敢來送死嗎？”甫之未曾細瞧，已被來將大刀一劈，剁落馬下。看官道是何人？原來就是劉裕。裕乘甫之不備，把他劈死，便即殺散餘衆，進軍羅落橋。對面有敵陣列着，乃是玄將皇甫敷。裕又欲親出接戰，獨司馬檀憑之，縱馬先出，與敷交鋒，戰了數十回合，憑之力怯，一個失手，爲敷刺死。裕不禁大怒，自出接仗，敷素聞裕名，不敢輕與交手，惟麾衆圍裕，繞裕數重。裕毫不畏縮，倚着大樹，與敷力戰。敷呼裕道：“汝欲作何死？”說着，即拔戟刺裕。裕大喝一聲，嚇得敷倒退數步，不敢近前。可巧裕黨共來救應，擊破敷衆，敷解圍欲走，裕令軍士一齊放箭，射中敷額，敷遇創仆地，裕持刀直前，將要殺敷，但聽敷悽聲語道：“君得天命，敷應受死，惟願以子孫爲託。”裕一面允諾，一面下手斬敷，隨令軍吏厚恤敷家，安撫孤寡，示不食言。且因檀憑之戰死軍中，特令他從子檀祗，代領遺衆，仍然進薄建康。
桓玄聞二將戰死，越覺驚心，忙召諸術士推算吉凶，併爲厭勝詛咒諸術，並問及羣臣道：“朕難道就此敗亡麼？”羣臣皆不敢發言。獨吏部郎曹靖之抗聲道：“民怨神怒，臣實寒心。”玄瞿然道：“民或生怨，神有何怒？”靖之道：“晉氏宗廟，飄泊江濱，大楚祭不及祖，怎得不怒？”玄又道：“卿何不先諫？”靖之道：“輦下君子，統說是時逢堯舜，臣何敢多言。”玄無詞可答，只長嘆了好幾聲。威風掃盡。尋使桓謙出屯東陵，卞範之出屯覆舟山西，共合二萬人。裕至覆舟山東，使軍士飽餐，棄去餘糧，期在必死，先令老弱殘兵，登高張旗，作爲疑兵，然後與劉毅等分作數隊，突進謙陣。毅與裕俱身先士卒，拼死直前，將士亦踊躍隨上，喊聲動地。適有大風從東北吹來，裕軍正在上風，便放起一把火來，火隨風勢，風助火威，燒得桓謙部下，都變了焦頭爛額的活鬼，哪裏還敢戀戰，紛紛大潰。謙與範之，也一溜煙似的跑去，苟延生命。
玄因兩軍交戰，時遣偵騎探報，偵騎見了疑兵，即返報裕軍四塞，不知多少。玄亟遣武衛將軍庾賾之，帶領精兵，往援謙軍，暗中卻使領軍將軍殷仲文，至石頭城預備船隻，以便逃走。忽有探馬踉蹌入報，說是桓謙卞範之兩軍，俱已敗潰。玄忙集親信數千人，倉皇出奔，口中還聲言赴戰，挈同子昇及兄子濬，出南掖門。適遇前相國參軍胡藩，叩馬諫阻道：“今羽林射手，尚有八百，非親即故，彼受陛下累世厚恩，應肯效力，乃不驅令一戰，偏舍此他去，究竟何處可以安身？”玄不暇對答，但用鞭向天一指，便即策馬西走。馳至石頭，見仲文已備齊船隻，即下船駛行。船中未曾備糧，經日不食。及駛至百里外，方從岸上覓得粗糲，刈葦爲炊，大衆才得一飽。玄勉強取食，咽不能下，由子昇代爲撫胸，惹得玄涕泣俱下，復恐追兵到來，徑往尋陽去了。
惟建康城內，已無主子，司徒王謐等，當然背玄，迎裕入都。王仲德抱元德子方回，出城候裕。裕接見後，便將方回抱入懷中，與仲德對哭一場，面授仲德爲中兵參軍，追贈元德爲給事中，然後將方回繳還仲德，引兵馳入都中。越日，移屯石頭城，設立留臺，令百官照常辦事，取出桓溫神主，至宣陽門外毀去，另造晉室新主，奉入太廟。又派劉毅等追玄，所有桓氏族黨，留居建康，盡行捕誅。再使部將臧熹入宮檢收圖書器物，封閉府庫，熹一一斂貯，毫無所私。裕乃倡言迎駕，使尚書王嘏，率百官往尋陽，迎還安帝。嘏與百官奉令去訖，惟王謐居守留臺，推裕領揚州軍事。裕一再固辭，讓謐爲揚州刺史，仍領司徒，兼官侍中，錄尚書事。謐復推裕都督揚徐兗豫青冀幽並八州，領徐州刺史，裕即受任不辭。辭揚州而不辭八州，其意可知。當下令毅爲青州刺史，何無忌爲琅琊內史，孟昶爲丹陽尹，劉道規爲義昌太守。凡軍國處置，俱委任劉穆之，倉促辦定，無不就緒，朝野翕然。只諸葛長民前與裕約，謀據歷陽，事尚未發，爲刺史刁逵所聞，將他拘住，檻送建康。行亞當利，聞得桓玄出走，建康已屬劉裕，解差樂得用情，破檻放出長民，還趨歷陽。歷陽兵民，乘機反正，逐去刺史刁逵，逵棄城出走，正與長民相值，再經城中兵士追來，無從逃避，只好下馬受縛，由他解送石頭，一刀處死。子侄等亦皆駢戮，惟季弟給事中刁聘，幸得赦免。裕令魏詠之爲豫州刺史，鎮守歷陽，諸葛長民爲宣城內史。先是裕少年微賤，輕狡無行，名流多不與往來，惟王謐素來重裕，嘗語裕道：“卿當爲一代英雄。”裕亦因此自負。會與刁逵賭博，輸資不償，逵縛諸樹上，責令還值，嗣由謐代爲償還，方得釋裕。裕感謐愈深，恨逵亦愈甚，至是酬恩報怨，才得伸志。惟桓玄篡位時，謐實助玄爲虐，手解安帝璽綬，獻與桓玄。見前回。時論皆不直王謐，謂宜聲罪伏誅，獨裕力爲保全，謐才得無恙。因私廢公，終屬非是。
桓玄奔至尋陽，將要息肩，聞得劉毅等又復追來，他急脅迫安帝兄弟，及何王二後，乘舟西行。安帝被徙尋陽，事見上文。留龍驤將軍何澹之，與前將軍郭銓，刺史郭昶之等，堵仗湓口。劉毅等不能前進，尚書王嘏等，無從迎駕，只好還報劉裕。裕乃託稱受帝密詔，迎武陵王司馬遵爲大將軍，暫居東宮，承製行事。遵父名晞，就是元帝第四子，受封武陵，由遵襲爵，留官建康，任中領軍。桓玄篡位，降遵爲彭澤侯，勒令就鎮。遵甫出石頭，裕軍已至，乃退還就第，此時總攝百揆，稱制大赦，惟桓玄一族，不在赦例。可巧劉敬宣司馬休之，自南燕奔歸，遂令休之領荊州刺史，監督荊益樑寧秦雍六州軍事，敬宣爲晉陵太守。他兩人奔往南燕時，曾與劉軌高雅之同行，見前回。後欲密圖南燕王慕容備德，事泄南奔，軌與雅之被南燕兵追斬，獨休之敬宣得脫，還爲晉臣。休之奉命赴鎮，但此時的荊州，尚爲桓石康所據，怎肯讓與休之，再加桓玄自尋陽奔赴，當然迎納桓玄，與晉反抗。玄仍稱楚帝，即以江陵爲楚都，眼見得桓玄雖敗，還有一片尾聲。小子有詩詠道：
石頭城內慶安全，半壁江山得少延。
只有荊襄還未靖，尚勞兵甲掃殘煙。
欲知江陵如何攻克，待至下回再表。
劉裕起兵討玄，主謀者實爲孟昶，昶之慫恿劉裕，爲私怨而發，非真知有公義也。觀其對妻之言，全爲劉邁一人，而周氏獨能傾囊相助。且謂義無歸志，彼知從夫之義，寧不能知報國之忠，其所由慨然給資者，正欲昶之乘間除逆耳。周氏誠賢矣哉！本回特舉以標目。所以揚巾幗，愧鬚眉也。何無忌母，爲弟復仇，猶其次焉者耳。劉裕一舉，桓氏瓦解，師直爲壯，曲爲老，復得裕以統率之，何患不成？玄之懼裕，譬諸賊膽心虛，不寒自慄耳。然裕誅刁逵而不誅王謐，裕已第知有私，不知有晉矣，寧待篡位而始見裕之心哉？