孫思邈，雍州華原人也。七歲就學，日誦千餘言。弱冠，善談老莊及百家之說，亦好釋典。洛州總管獨孤信，見而嘆曰：“此聖童也。”但恨其器大識小，難爲用也。
後周宣帝時，思邈以王室多故，遂隱居太白山。隋文帝輔政，徵爲國子博士，稱疾不起。常謂所親曰：“過是五十年，當有聖人出，吾方助之以濟人。”及唐太宗即位，召詣京師。嗟其容色甚少，謂曰：“故知有道者誠可尊重。羨門、廣成，豈虛言哉！”將授以爵位，固辭不受。唐顯慶四年，高宗召見，拜諫議大夫，又固辭不受。上元元年，辭疾請歸，特賜良馬及鄱陽公主邑司以居焉。當時名士，如宋之問、孟詵、盧照鄰等，皆執師弟之禮以事焉。思邈嘗從幸九成宮，照鄰病，留在其宅。時庭前有大梨樹，照鄰爲之賦，其序曰：
“癸酉之歲。餘臥疾長安光德坊之官舍。戶老雲是鄱陽公主邑司，昔公主未嫁而卒，故其邑廢。時有處士孫思邈，道洽古今，學殫數術，高談正一。則古之蒙莊子，深入不二。則今之維摩詰。至於推步甲乙。度量乾坤，則洛下閎、安期先生之儔也。自雲開皇辛酉歲生，年九十三矣，察之鄉里，鹹雲數百歲。又共話周齊間事，歷歷如目見。以此參之，不啻百歲人矣。然猶視聽不衰，神彩甚茂。可謂古之聰明博達不死者也。”
時照鄰有盛名，而染惡疾。嗟稟受之不同，昧遐夭之殊致。因問思邈曰：“名醫愈疾，其道如何？”對曰：“吾聞善言天者，必質於人；善言人者，必本於天。天有四時五行，寒暑迭代，其轉運也。和而爲雨，怒而爲風，寒凝而爲霜雪，張而爲虹?，此天地之常數也。人有四肢五臟，一覺一寐，呼吸吐納，循而爲往來，流而爲榮衛，彰而爲氣色，發而爲音聲，此人之常數也。陽用其精，陰用其形，天人之所同者。及其失也，蒸則生熱，否則生寒。結而爲疣贅，陷而爲癰疽，奔而爲喘乏，竭而爲焦枯。診發乎面，變動乎形。推此以及天地，則亦如之。故五緯盈縮，星辰失度，日月錯行，彗孛流飛，此天地之危疹也。寒暑不時，此天地之蒸否也；石立土踊，此天地之疣贅也；山崩地陷，此天地之癰疽也；奔風暴雨，此天地之喘乏也；雨澤不時，川源涸竭，此天地之焦枯也。良醫導之以藥石，救之以針劑，聖人和之以道德，輔之以政事，故體有可愈之疾，天地有可消之災。”又曰：“膽欲大而心欲小，智欲圓而行欲方。詩曰：‘如臨深淵，如履薄冰。’謂小心也；‘糾糾武夫，公侯干城’，謂大膽也。不爲利回，不爲義疚，行之方也；見機而作，不俟終日，智之圓也。”其文學也，穎出如是。其道術也，不可勝紀焉。
初魏徵等受詔修齊樑周隋等五代史，恐有遺漏，屢訪于思邈，口以傳授，有如目睹。東臺侍郎孫處約，嘗將其五子亻延、儆、俊、侑、?，以謁思邈，思邈曰：“俊當先貴，侑當晚達，?最居重位，禍在執兵。”後皆如其言。太子詹事盧齊卿，自幼時請問人倫之事，思邈曰：“汝後五十年，位登方伯，吾孫當爲屬吏，可自保也。”齊卿後爲徐州刺史，思邈孫溥，果爲徐州蕭縣丞，邈初謂齊卿言時，溥猶未生，而預知其事。凡諸異跡，多如此焉。永淳元年卒，遺令薄葬，不藏冥器，不奠生牢。經月餘，顏貌不改。舉屍就木，空衣而已。時人異之。自注老子、慶子，撰《千金方》三十卷、《福祿論》三十卷，《攝生真?》、《枕中素書》、《會三教論》各一卷。
開元中，復有人見隱於終南山，與宣律師相接，每往來參請宗旨。時大旱，西域僧請於昆明池結壇祈雨，詔有司備香燈，凡七日，縮水數尺。忽有老人夜詣宣律師求救曰：“弟子昆明池龍也。無雨時久，匪由弟子。胡僧利弟子腦將爲藥，欺天子言祈雨，命在旦夕。乞和尚法力救護。”宣公辭曰：“貧道持律而已，可求孫先生。”老人因至，思邈謂曰：“我知昆明龍宮有仙方三十首，若能示予，予將救汝。”老人曰：“此方上帝不許妄傳，今急矣，固無所吝。”有頃，捧方而至。思邈曰：“爾但還，無慮胡僧也。”自是湖水忽漲，數日溢岸。胡僧羞恚而死。又嘗有神仙降，謂思邈曰：“爾所著《千金方》，濟人之功，亦已廣矣。而以物命爲藥，害物亦多，必爲尸解之仙，不得白日輕舉矣。昔真人桓?謂陶貞白，事亦如之，固吾子所知也。”其後思邈取草木之藥，以代虻蟲水蛭之命，作《千金方翼》三十篇，每篇有龍宮仙方一首，行之於世。
及玄宗避羯胡之亂，西幸蜀。既至蜀，夢一叟鬚髮盡白，衣黃襦，再拜於前。已而奏曰：“臣孫思邈也。廬於蛾眉山有年矣。今聞鑾駕幸成都，臣故候竭。”玄宗曰：“我熟識先生名久矣。今先生不遠而至，亦將有所求乎？”思邈曰：“臣隱居雲泉，好餌金石藥。聞此地出雄黃，願以八十兩爲賜。脫遂臣請，幸降使齎至峨眉山。”玄宗諾之，悸然而寤。即召寺臣陳忠盛，挈雄黃八十兩，往峨眉宣賜思邈。忠盛既奉詔，入峨眉。至屏風嶺，見一叟貌甚俊古，衣黃襦，立於嶺下，謂忠盛曰：“汝非天子使乎我即孫思邈也。”忠盛曰：“上命以雄黃賜先生。”其叟僂而受。既而曰：“吾蒙天子賜雄黃，今有表謝。屬山居無翰墨，天使命筆札傳寫以進也。”忠盛即召吏持牘染翰。叟指一石曰：“表本在石上，君可錄焉。”忠盛目其石，果有朱字百餘，實表本也。遂謄寫其字。寫畢，視叟與石，俱亡見矣。於是具以其事聞於玄宗。玄宗因問忠盛，叟之貌與夢者果同，由是益奇之。自是或隱或見。
鹹通末，山下民家有兒十餘歲，不食葷血。父母以其好善，使於白水僧院爲童子。忽有遊客稱孫處士，周遊院中訖，袖中出湯末以授童子曰：“爲我如茶法煎來。”處士呷少許，以餘湯與之。覺湯極美，願賜一碗。處士曰：“此湯爲汝來耳。”即以末方寸匕，更令煎吃。因與同侶話之，出門，處士已去矣，童子亦乘空而飛，衆方驚異。顧視煎湯銚子，已成金矣。其後亦時有人見思邈者。