餘童年喪父，老母命棄舉業學醫，謂可以養生，可以濟人，且習一藝以成名，爾父夙心也。後餘在慈雲寺，遇一老者，修髯偉貌，飄飄若仙，餘敬禮之。
語餘曰：「子仕路中人也，明年即進學，何不讀書？」餘告以故，並叩老者姓氏里居。
曰：「吾姓孔，雲南人也。得邵子皇極數正傳，數該傳汝。」餘引歸，告母。
母曰：「善待之。」試其數，纖悉皆驗。餘遂啓讀書之念，謀之表兄沈稱，
言：「鬱海谷先生，在沈友夫家開館，我送汝寄學甚便。」餘遂禮鬱爲師。孔爲餘起數：縣考童生，當十四名；府考七十一名，提學考第九名。明年赴考，三處名數皆合。復爲卜終身休咎，言：某年考第幾名，某年當補廩，某年當貢，貢後某年，當選四川一大尹，在任三年半，即宜告歸。五十三歲八月十四日丑時，當終於正寢，惜無子。餘備錄而謹記之。
自此以後，凡遇考校，其名數先後，皆不出孔公所懸定者。獨算餘食廩米九十一石五斗當出貢；及食米七十一石，屠宗師即批准補貢，餘竊疑之。後果爲署印楊公所駁，直至丁卯年(西元1567年)，殷秋溟宗師見餘場中備卷，嘆曰：「五策，即五篇奏議也，豈可使博洽淹貫之儒，老於窗下乎！」遂依縣申文準貢，連前食米計之，實九十一石五斗也。餘因此益信進退有命，遲速有時，澹然無求矣。
貢入燕都，留京一年，終日靜坐，不閱文字。己巳(西元1569年)歸，遊南雍，未入監，先訪雲谷會禪師於棲霞山中，對坐一室，凡三晝夜不瞑目。
雲谷問曰：「凡人所以不得作聖者，只爲妄念相纏耳。汝坐三日，不見起一妄念，何也？」
餘曰：「吾爲孔先生算定，榮辱生死，皆有定數，即要妄想，亦無可妄想。」
雲谷笑曰：「我待汝是豪傑，原來只是凡夫。」問其故？
曰：「人未能無心，終爲陰陽所縛，安得無數？但惟凡人有數；極善之人，數固拘他不定；極惡之人，數亦拘他不定。汝二十年來，被他算定，不曾轉動一毫，豈非是凡夫？」
餘問曰：「然則數可逃乎？」
曰：「命由我作，福自己求。詩書所稱，的爲明訓。我教典中說：『求富貴得富貴，求男女得男女，求長壽得長壽。』夫妄語乃釋迦大戒，諸佛菩薩，豈誑語欺人？」
餘進曰：「孟子言：『求則得之』，是求在我者也。道德仁義可以力求；功名富貴，如何求得？」
雲谷曰：「孟子之言不錯，汝自錯解耳。汝不見六祖說：『一切福田，不離方寸；從心而覓，感無不通。』求在我，不獨得道德仁義，亦得功名富貴；內外雙得，是求有益於得也。若不反躬內省，而徒向外馳求，則求之有道，而得之有命矣，內外雙失，故無益。」
因問：「孔公算汝終身若何？」餘以實告。
雲谷曰：「汝自揣應得科第否？應生子否？」餘追省良久，
曰：「不應也。科第中人，有福相，餘福薄，又不能積功累行，以基厚福；兼不耐煩劇，不能容人；時或以才智蓋人，直心直行，輕言妄談。凡此皆薄福之相也，豈宜科第哉。
地之穢者多生物，水之清者常無魚；餘好潔，宜無子者一；和氣能育萬物，餘善怒，宜無子者二；愛爲生生之本，忍爲不育之根；餘矜惜名節，常不能捨己救人，宜無子者三；多言耗氣，宜無子者四；喜飲鑠精，宜無子者五；好徹夜長坐，而不知葆元毓神，宜無子者六。其餘過惡尚多，不能悉數。」
雲谷曰：「豈惟科第哉。世間享千金之者，定是千金人物；享百金之產者，定是百金人物；應餓死者，定是餓死人物；天不過因材而篤，幾曾加纖毫意思。
即如生子，有百世之德者，定有百世子孫保之；有十世之德者，定有十世子孫保之；有三世二世之德者，定有三世二世子孫保之；其斬焉無後者，德至薄也。
汝今既知非。將向來不發科第，及不生子之相，盡情改刷；務要積德，務要包荒，務要和愛，務要惜精神。從前種種，譬如昨日死；從後種種，譬如今日生；此義理再生之身。
夫血肉之身，尚然有數；義理之身，豈不能格天。太甲曰：『天作孽，猶可違；自作孽，不可活。』詩云：『永言配命，自求多福。』孔先生算汝不登科第，不生子者，此天作之孽，猶可得而違；汝今擴充德性，力行善事，多積陰德，此自己所作之福也，安得而不受享乎？
易爲君子謀，趨吉避凶；若言天命有常，吉何可趨，兇何可避？開章第一義，便說：『積善之家，必有餘慶。』汝信得及否？」
餘信其言，拜而受教。因將往日之罪，佛前盡情發露，爲疏一通，先求登科；誓行善事三千條，以報天地祖宗之德。
雲谷出功過格示餘，令所行之事，逐日登記；善則記數，惡則退除，且教持準提咒，以期必驗。
語餘曰：「符錄家有云：『不會書符，被鬼神笑。』此有祕傳，只是不動念也。執筆書符，先把萬緣放下，一塵不起。從此念頭不動處，下一點，謂之混沌開基。由此而一筆揮成，更無思慮，此符便靈。凡祈天立命，都要從無思無慮處感格。
孟子論立命之學，而曰：『夭壽不貳。』夫夭壽，至貳者也。當其不動念時，孰爲夭，孰爲壽？細分之，豐歉不貳，然後可立貧富之命；窮通不貳，然後可立貴賤之命；夭壽不貳，然後可立生死之命。人生世間，惟死生爲重，曰夭壽，則一切順逆皆該之矣。
至修身以俟之，乃積德祈天之事。曰修，則身有過惡，皆當治而去之；曰俟，則一毫覬覦，一毫將迎，皆當斬絕之矣。到此地位，直造先天之境，即此便是實學。
汝未能無心，但能持準提咒，無記無數，不令間斷，持得純熟，於持中不持，於不持中持。到得念頭不動，則靈驗矣。」
餘初號學海，是日改號了凡；蓋悟立命之說，而不欲落凡夫窠臼也。從此而後，終日兢兢，便覺與前不同。前日只是悠悠放任，到此自有戰兢惕厲景象，在暗室屋漏中，常恐得罪天地鬼神；遇人憎我毀我，自能恬然容受。
到明年(西元1570年)禮部考科舉，孔先生算該第三，忽考第一；其言不驗，而秋闈中式矣。然行義未純，檢身多誤；或見善而行之不勇，或救人而心常自疑；或身勉爲善，而口有過言；或醒時操持，而醉後放逸；以過折功，日常虛度。自己巳歲(西元1569年)發願，直至己卯歲(西元1579年)，歷十餘年，而三千善行始完。
時方從李漸庵入關，未及迴向。庚辰(西元1580年)南還。始請性空，慧空諸上人，就東塔禪堂迴向。遂起求子願，亦許行三千善事。辛巳(西元1581年)，生男天啓。
餘行一事，隨以筆記；汝母不能書，每行一事，輒用鵝毛管，印一朱圈於歷日之上。或施食貧人，或放生命，一日有多至十餘者。至癸未(西元1583年)八月，三千之數已滿。復請性空輩，就家庭迴向。九月十三日，復起求中進士願，許行善事一萬條，丙戌(西元1586年)登第，授寶坻知縣。
餘置空格一冊，名曰治心篇。晨起坐堂，家人攜付門役，置案上，所行善惡，纖悉必記。夜則設桌於庭，效趙閱道焚香告帝。
汝母見所行不多，輒顰蹙曰：「我前在家，相助爲善，故三千之數得完；今許一萬，衙中無事可行，何時得圓滿乎？」
夜間偶夢見一神人，餘言善事難完之故。神曰：「只減糧一節，萬行俱完矣。」蓋寶坻之田，每畝二分三釐七毫。餘爲區處，減至一分四釐六毫，委有此事，心頗驚疑。適幻餘禪師自五臺來，餘以夢告之，且問此事宜信否？
師曰：「善心真切，即一行可當萬善，況合縣減糧，萬民受福乎？」吾即捐俸銀，請其就五臺山齋僧一萬而回向之。
孔公算予五十三歲有厄，餘未嘗祈壽，是歲竟無恙，今六十九矣。書曰：「天難諶，命靡常。」又云：「惟命不於常」，皆非誑語。吾於是而知，凡稱禍福自己求之者，乃聖賢之言。若謂禍福惟天所命，則世俗之論矣。
汝之命，未知若何？即命當榮顯，常作落寞想；即時當順利，常作拂逆想；即眼前足食，常作貧窶想；即人相愛敬，常作恐懼想；即家世望重，常作卑下想；即學問頗優，常作淺陋想。
遠思揚德，近思蓋父母之愆；上思報國之恩，下思造家之福；外思濟人之急，內思閒己之邪。
務要日日知非，日日改過；一日不知非，即一日安於自是；一日無過可改，即一日無步可進；天下聰明俊秀不少，所以德不加修，業不加廣者，只爲因循二字，耽閣一生。
雲谷禪師所授立命之說，乃至精至邃，至真至正之理，其熟玩而勉行之，毋自曠也。