袁黃初名錶，字坤儀，初號學海，後改號了凡。袁黃是（浙江嘉善人，又有資料稱其爲江蘇吳江人）。據日本學者酒井忠夫考證，袁家祖居嘉興陶莊(明代併入嘉善縣)，元末時家境富足。明初，因燕王朱棣奪取皇位，發生“靖難之役”，袁家因與反對燕王的人有交往，而受到牽連被抄家。袁了凡的曾祖的父親倖免於被捕，開始四處奔走逃亡，後定居於江蘇吳江。少即聰穎敏悟，卓有異才，對天文、術數、水利、兵書、政事、醫藥等無不研究，補諸生。明嘉靖四十四年（1565）知縣辟書院，令高材生從其受業。萬曆五年（1577）會試，因策論違主試官意而落第。